Als ich dann aber wenige später noch einmal Gas gegeben habe (so das sie über 4000 Umdrehungen kommt), hat sie massive Fehlzündungen bekommen und geruckelt, als würde sie mich abwerfen wollen. Wenn ich unter 3000 Umdrehungen blieb, ging es eigentlich.
Das klingt schon nach Reglerdefekt, daher:
Als erstes würde ich aber die Regler Spannung messen
Oder Du machst den Schnelltest: Leitungen zwischen Lichtmaschine und Regler trennen (3 Kabel) und so mal ein Stück fahren und dabei den Motor ausdrehen. Wenn die Batterie noch etwas taugt, dann geht das für eine Weile. Läuft Dein Motorrad dann vernünftig, hast Du den Übeltäter gefunden!